购买的苗木如果是种植者直接开具的免税增值税普通是可以抵扣的
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第三款规定，购进农产品，除取得增值税专用或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额苗木公司 。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率
财税[2012]75号、国家《关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》第三条规定，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的“销售”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托的普通；批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通不得作为计算抵扣进项税额的凭证苗木公司 。